ในขณะที่สังคมมุสลิมยังมีพื้นที่สำหรับการศึกษาทุกด้านครอบคลุมความต้องการของชีวิตปัญหาทางการศึกษาก็มีให้ขบคิดเพื่อปรับปรุงและพัฒนาตลอดเวลา ปัญหาที่สำคัญคือ

1. ปัญหาทางการศึกษาที่เกิดจากโครงสร้างสังคมมุสลิมเอง

2. ปัญหาทางการศึกษาที่เกิดจากนโยบายของรัฐบาล โดยเฉพาะอย่างยิ่งในช่วงวิกฤติสามจังหวัดชายแดนภาคใต้

ประเด็นหนึ่งที่เป็นปัญหาที่นักวิชาการและนักการศึกษามุสลิมจะต้องพิจารณา คือ

การศึกษาอิสลามในโลกมุสลิมที่มีความเจริญรุดหน้าไปมากนั้น ทำให้วิชาการอิสลามในพื้นที่ยัง

จะต้องมีการพัฒนา ปรับปรุง เพื่อให้ถูกต้องเป็นปัจจุบัน และหน่วยงานราชการสามารถเข้ามามีส่วนร่วมโดยอ้อม เพราะปัญหาที่ดำรงอยู่คือการขาดองค์กรนำ งบประมาณในการจัดการนโยบายที่ชัดเจนตลอดจนการบริหารจัดการที่ชอบธรรม ยังเป็นเรื่องที่ห่างไกลความเป็นจริง

การเข้ามามีส่วนร่วมของรัฐผ่านองค์กรมุสลิมที่ถูกต้องตามกฎหมายนั้น สังคมยังมีความรู้สึกว่าเป็นการแทรกแซงมากกว่าสร้างสรรค์